Lunes 3

Martes 4

Miércoles 5

Jueves 6

Viernes 7

9-10

A. Sánchez-Gracia (I-5)

Ensamblaje y mapeo de secuencias de NGS

S. Carranza (33)

Datación

10-10:50

J. Rozas / M. Riutort (Aula de Graus)

Presentación; Introducción General

A. Sánchez-Gracia / S. Guirao (I-5)

Análisis de datos de NGS

PRINSEQ, Velvet, BWA

10:50-11:10

11:10

C. Segarra (33)

Distancias Genéticas.
Modelos de evolución de DNA y proteínas.
Distancias Genéticas en Regiones Codificadoras

12:10-13

M. Aguadé (33)

Reloj Molecular
Teoría Neutralista

S. Carranza (I-5)

Selección de modelos evolutivos. Saturación

jModelTest, PartitionFinder

Variación de la tasa evolutiva entre linajes y en el tiempo.
Comparación de topologías

RAxML, CONSEL, FigTree

13-14

C. Segarra (I-5)

Distancias Genéticas: JC; K2P; GTR; G; Ks/Ka

MEGA

14-15

S. Carranza (I-5)

Máx. Verosimilitud.

RAxML

16-16:50

D. Orengo (I-5)

Comandos básicos para la terminal de Windows y Linux

M. Riutort (33)

Conceptos de Inferencia Filogenética.
Métodos basados en distancias genéticas: NJ

17:10-18

J. Castresana  / D. Orengo (I-5)

Alineamiento Múltiple
Búsqueda de posiciones Informativas.
Formato de los dicheros de datos: NEXUS, FASTA, PHYLIP, etc.
Ficheros de datos de NGS: FastQ, SFF

ClustalX, MAFFT, GBlocks

S. Carranza (I-5)

Tratamiento de datos para inferencia filogenética.
Reconstrucción filogenética:  NJ. Bootstrap

Geneious, FigTree

M. Riutort (I-5)

Inferencia Bayesiana

MrBayes

Visita al Mare Nostrum

BSC, Barcelona Supercomputing Center

Recepción

Sala de Juntas (UB-Biología)

19-20

Lunes 10

Martes 11

Miércoles 12

Jueves 13

Viernes 14

9-10

M. Pascual (I-5)

Datos de microsatélites

Genepop

A. Sánchez-Gracia (I-5)

Detección de Fuerzas Evolutivas.
III: Modelos de substitución de codones

PAML

10-10:50

J. Rozas (I-5)

DnaSP

GMYC, BPP

11:10-11:30

R. Zardoya (33)

Interpretación y perspectivas 

D. Orengo (I-5)

Diferenciación Genética y Flujo Génico

DnaSP, MEGA

H. Quesada (33)

Detección de Fuerzas Evolutivas.
I: Hitchhiking, Background Selection

Detección de Fuerzas Evolutivas.
II: HKA, MK, Ka/Ks

F. González-Candelas (33)

Aplicaciones y Perspectivas: Evolución de virus y Epidemiología molecular

11:30-12:30

A. Sánchez-Gracia (I-5)

Modelos de Aislamiento con Migración: Inferencia Bayesiana y Métodos de ABC

Workshop#1 (33)

M. A. Arnedo / M. Riutort / R. Zardoya

13-14

Workshop#2 (I-5)

S. Ramos-Onsins / A. Sánchez-Gracia / J. Rozas

14:30-15

15-16

J. Rozas (33)

Introducción
Filogenias-Genealogías
Datos de Secuencias-SNPs

C. Segarra (I-5)

Hitchhiking, Background Selection y Efectos demográficos

DnaSP, MEGA

16-16:50

J. Rozas (33)

Teoría de la Coalescencia

17:10-18

A. Munté (33)

Diversidad Nucleotídica y Haplotípica
Variación sinónima y no sinónima. Desequilibrio de Ligamiento y Recombinación

Tests de Neutralismo: Tests de Tajima y de Fu y Li

H. Quesada (I-5)

Detección de Fuerzas Evolutivas.
HKA, MK, Ka/Ks

DnaSP, MEGA

18:30-19

Foto del Curso