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Software |
| Software | Web Server | Descripción |
| Clustal X | Si | Alineamiento Múltiple |
| Mafft | Programa de alineamiento múltiple de aminoácidos o secuencias de nucleótidos | |
| ProbCons | Alineamiento Múltiple | |
| T-coffee | Alineamiento Múltiple | |
| GBlocks 0.91 | Si | Elección de Posiciones Filogenéticamente Informativas |
| Mesquite | Analizar datos comparativos sobre los organismos | |
| SeaView | Interfaz gráfica multiplataforma para la alineación de secuencias múltiples y filogenia molecular | |
| PHYML | Inferencia filogenética. Maxima verosimilitud | |
| Executor | Emulador de Macintosh para PC | |
| Seq-Gen | Simulador de la evolución de secuencias de ADN | |
| BioEdit 5.0.9 | Editor de secuencias de DNA | |
| PHYLIP 3.5 | Inferencia Filogenética | |
| MEGA 5 | Inferencia Filogenética | |
| PAUPdos | Inferencia Filogenética | |
| NONA 2.0 | Inferencia Filogenética. Máxima parsimonia | |
| MrBayes 3.1.2 | Inferencia Filogenét ica. Inferencia bayesiana | |
| TreeView 1.6.6 | Visualiza árboles filogenéticos | |
| WinClada 1.00.08 | Editor de datos y árboles filogenéticos | |
| MacClade 4.05 | Editor de datos y árboles filogenéticos | |
| ModelTest 3.7 | Elección del Modelo Evolutivo Apropiado | |
| MOLPHY | Filogenia Molecular | |
| r8s | Estimación de las tasas absolutas ("r8s") de la evolución molecular y los tiempos de divergencia en un árbol filogenético | |
| Tree-PUZZLE | Análisis de máxima verosimilitud para datos de nucleótidos y aminoácidos | |
| PAML 3.15 | Análisis Filogenético por Máxima Verosimilitud | |
| RRtree 1.1 | Relative-rate tests | |
| DnaSP 5.10.01 | Análisis de Variación Genética; Flujo Génico; Coalescencia | |
| GeoDis 2.5 | Nested Clade Analysis | |
| TCS 1.21 | Network representations | |
| HKA | Calculo del test HKA | |
| K-Estimator 6.1 | Estimación de Ka y Ks | |
| DAMBE | Análisis de datos de biología y evolución molecular | |
| Arlequin 3.01 | Population genetics data analysis. Analysis of molecular variance | |
| Genepop | Tests de equilibrio de H-W.: diferenciación entre poblaciones y desequilibrio genotípico entre pares de loci | |
| SITES | Estimación de parámetros | |
| IMMANC | Detecta inmigrantes utilizando genotipos de multiloci | |
| Migrate | Calcula tamaño efectivo de la población y tasa de migración | |
| Structure | Detecta estructura poblacional y asigna individuos a poblaciones utilizando datos genotípicos multilocus | |
| Genetix | Parámetros básicos de genética de poblaciones | |
| Microsat tolkit 3.1 | Preparación de ficheros para los programas mas usados de genética de poblaciones | |
| Geneclass 2.0 | Descripción de la diversidad poblacional. Assignment and Migrants detection empleando genotipos multilocus | |
| BEAST | Programa multi-plataforma para el análisis Bayesiano MCMC de secuencias moleculares | |
| Tracer | Programa para el análisis de los archivos de traza generados por método Bayesiano MCMC | |
| Popgene | Hace análisis de la población genética más accesible para el usuario ocasional | |
| Genetree | Estimación de parámetros por máxima verosimilitud | |
| Linkage Disequilibrium Plots | ||
| RAxML | Inferencia por Máxima Verosimilitud | |
| HYPHY | Evolución molecular y análisis estadístico de secuencias | |
| BAMBE | Bayesian Analysis in Molecular Biology and Evolution | |
| Mas Software en: | por Joe Felsenstein (University of Washington) | |
| Mas Software en: | por S. O. Kolokotronis (American Museum of Natural History) | |
| Documentación Adicional | del Workshop on Molecular Evolution Software Web page |
